Ein Verständnis der Gegenwart ist ohne ein Verständnis der Vergangenheit nicht möglich. Die kulturelle Vielfalt der Region erschließt sich nur, wenn man sich ihre historische Genese vergegenwärtigt. Aktuelle Konflikte werden erst verständlich, wenn man ihre Entstehungsgeschichte kennt. Zugleich stellt Geschichte einen wichtigen Baustein für die Konstruktion kollektiver Identitäten dar. Die Berufung auf eine glorifizierte Vergangenheit soll Gemeinsinn stiften, in Konflikten um territoriale Besitzansprüche wird oft mit vermeintlichen „historischen Rechten“ argumentiert.

All dies ist Gegenstand der Jenaer Südosteuropastudien. Zeitlich werden dabei die Perioden von der Frühneuzeit bis zur Gegenwart abgedeckt, wobei ein besonderer Schwerpunkt in der Zeitgeschichte liegt. Im Mittelpunkt des Lehrangebots stehen die Themen Nation und Nationalismus, die historische Konstruktion von Selbst- und Fremdbildern, die Geschichte der multiethnischen Imperien in Südosteuropa, der Islam in Südosteuropa sowie Alltagsgeschichte, Migrationsgeschichte und Gewaltgeschichte.